В этом мире люди вынуждены сосуществовать с монстрами йома, которые охотятся на людей и пожирают своих жертв. Для борьбы с йома некая организация создает орден воинов - полулюдей-полуэльфов. Этот орден стоит на защите человечества, но требует за это плату. Воинов ордена называют «клейморами» в честь оружия, которым они владеют, но многие называют их «ведьмами с серебряными глазами» из-за их характерной внешности и безразличного отношения к окружающим.
Каждый клеймор имеет номер ранга, который присваивается в зависимости от силы и способностей. История начинается со встречи Клэр - девушки, получеловека, полуйомы, приехавшей в маленький городок для выполнения одной из миссий организации,- и Везунчика, молодого человека, чьи родители были убиты местным йомой. Это не случайность. Нашим героям предстоит пройти сложные испытания, которые прольют свет на все, что происходит в этом мире клеймора, каким бы легким он ни казался.