Население Земли было уничтожено в результате нападения неизвестного злоумышленника, и лишь небольшой район Токио остался невредимым. В школе Аято и остальных учили, что население Земли сократилось до 23 миллионов человек. Однажды утром по дороге в школу Камины Аято столкнулся с военными действиями - силы самообороны отбивали набег странных существ или механических существ, известных как долемы. Для него было важнее сохранить безопасность и помочь своим друзьям, чем посещать занятия. Вскоре после этого он встретил девушку по имени Харука Сито, и они отправились из Токио, используя Разефон - огромный долем, который изначально предназначался для матери Аято, но он единственный, кто может им управлять. За пределами Токио они обнаруживают, что человечество все еще живо - разновидность мулиан давно напала на них, и они построили вокруг Токио купол, состоящий из мощной энергии, радиусом примерно 30 миль, напоминающий поверхность Юпитера и названный «Токио Юпитера». Те, кто находится под этим куполом, полностью отрезаны от внешнего мира, а время движется в шесть раз медленнее, чем обычно.