В далеком будущем планета Земля была уничтожена инопланетными силами Гауна. Ее жители улетели в космос, превратив части своего бывшего мира в межзвездные корабли, но не смогли оторваться от своих преследователей. «Сидония» - это гигантский ковчег, на котором они ищут новый дом перед лицом чудовищных творений Гауна и их каменной брони. Главная защита корабля - боевые роботы, известные как дозорные, которые оснащены оружием, способным уничтожить чужаков. Несмотря на технологический прогресс, достигнутый за столетия путешествий, найти подходящих пилотов для дозорных было непросто, поэтому никому не отказывают - даже тем, у кого необычное происхождение. Нагате вырос в уединении на заброшенных нижних уровнях Сидонии, воспитывался только своим дедом Хироки и обучался на древнем тренажере. Когда дед скончался, а у Нагатэ закончилась еда, он решился выйти на улицу и вскоре был зачислен на военную службу благодаря своим выдающимся способностям, развитым в ходе суровых тренировок. В паре с Сидзукой - красивой курсанткой, за которой ему поручили присматривать,— он стал настоящим рыцарем Сидонии, а также ее опекуном.