Сюжет второго сезона аниме «Вагнария» продолжает историю сложных взаимоотношений между сотрудниками небольшого семейного ресторана под названием Вагнария. Ресторан расположен на самом севере Японии, на острове Хоккайдо. В прошлом сезоне в ресторане не хватало персонала, поэтому начальство дало задание миниатюрной Попуре Танешима найти нового работника. Девушке, 17 лет, не повезло с маленьким ростом, поэтому она выглядит как ученица начальной школы. Из-за этого на нее никто не обращал внимания, кроме Соты Таканаси, прирожденного любителя всего миниатюрного.
Парень на год младше своей новой знакомой становится работником ресторана «Вагнария». Второй сезон продолжит рассказывать о непростых взаимоотношениях столь разношерстного персонала. Сота Таканаси уже стал неотъемлемой частью непростого коллектива и продолжает пытаться помочь Махире Инами в лечении андрофобии. Парень одновременно восхищается миниатюрностью своей подруги Попуре Танешима. Девушка, хоть и миниатюрная, но очень бойкая. Остальные члены группы почти не изменились. Ятиё Тодороки продолжает доставлять сладости Кёко Сирафудзи, вечной лентяйке и менеджеру ресторана. Аой Ямада снова витает в облаках и избегает работы. Дзюн Сато отвечает за кухню. Тем временем Хироми Сома