Кайто Даймон - типичный гений-хулиган, не стремящийся к академическим успехам, а скорее к разгадыванию загадок и головоломок. Он не собирается ходить в школу, пока не вмешивается его подруга детства Ноноха Ито - спортивная и энергичная девушка, которая берет на себя всю ответственность за заботу о «непутевом». Академия «Квадратный корень», однако, сама по себе странная - она полна любителей головоломок, и Содзи Джикукава, президент школьного совета и клуба головоломок, умудряется перехитрить самого Даймона. Заманив его с помощью Нонохи в смертельно опасную игру-лабиринт, Кайто завершает ее с помощью «контракта Орфея» - инструмента, позволяющего ему полностью использовать возможности своего мозга, называемого «фи-мозгом». Теперь он - один из решателей, избранных, которые могут управлять всеми видами тайн, созданных секретной организацией по всему миру. Под псевдонимом Эйнштейн вместе с верной Нонохой (а что еще остается делать?) он начинает жизнь в среде, где никто не уважает громких слов и фальшивых авторитетов. Свою позицию в иерархии решений он должен заслужить, раскалывая как орехи все новые и новые проблемы, а также приближаясь к разгадке «тайны бога», что заставляет задуматься, зачем все это нужно директору школы, а также зловещему миру, стоящему за ней!
