Речь идет о глобальной катастрофе, произошедшей пятнадцать лет назад, которая поставила человечество на грань вымирания. Однако все люди, которым удалось спастись в этой страшной войне, будут готовиться к еще более ужасным событиям. Земля подверглась нападению гигантских ангелов-убийц, которые внезапно захватили власть. Это гигантские существа, против которых наше стандартное оружие не работает.
Но есть одно оружие, которое может противостоять силе врага: это гигантский робот Евангелион, который был создан с использованием новых технологий и передовых биотехнологий. Однако не каждый может управлять им. Есть лишь несколько пилотов, которые способны полностью синхронизироваться с управлением этого робота-евангелиона. Помимо управления, вы принимаете на себя все ощущения этого киборга. Поэтому управление этой машиной — дело небезопасное: все пилоты рискуют жизнью ради спасения человечества.