Второй, разрушительный удар обрушился на планету Земля, не оставив от человечества почти ничего. Человечеству потребовалось много лет, чтобы оправиться от столь масштабной катастрофы. Но затем страну восходящего солнца ждала еще одна трагедия. Внезапно на страну напали неизвестные сущности, которых позже назвали ангелами. Глава сверхсекретной корпорации nerv был вынужден приказать своему сыну, Синдзи Икари, которому едва исполнилось 14 лет, прибыть в Токио-3, специально созданную базу для противостояния ангелам. Когда сын выполнил приказ отца (прямо во время первой атаки ангелов), последний потребовал, чтобы тот начал управлять Евангелионом — человекоподобным роботом, разработанным в условиях строжайшей секретности.
Молодой человек был не в восторге от перспективы того, что ему придется выполнять еще один приказ отца, и категорически отказался. Однако он был вынужден изменить свое решение, когда увидел, что альтернативы нет, поскольку Рей Аянами, которая теоретически могла бы выполнить приказ, была серьезно ранена. Каору Нагиса просыпается на лунной поверхности и обнаруживает пятно красного цвета. Seele 01 сообщает, что происходящее идентично тому, что записано в свитках мертвого моря; договор должен быть выполнен. Каору смотрит на непонятного гиганта, лицо которого скрыто маской фиолетового цвета, и говорит, что третий ничуть не изменился. Затем он смотрит в сторону планеты Земля и говорит, что не может дождаться встречи с Синдзи Икари.
