Синдзи Икари после сражений с ангелами оказался в спящем состоянии на четырнадцать лет. Хотя пилот был необходим для сражений с загадочными инопланетными формами, человечество было занято другой задачей. Когда Синдзи наконец пробудился, он обнаружил, что ситуация стремительно ухудшается. Появились другие ангелы, гораздо сильнее, чем были до его «сна», и бороться с ними можно только объединив усилия. Синдзи привык доверять своим старым товарищам: Аске и Рей, но теперь он не мог на них положиться, так как мир изменился.
Постепенно раскрывая правду, парень обнаруживает, что старые товарищи могут стать врагами, а те, кого он когда-то презирал, могут стать маловероятными союзниками. Сам Синдзи в замешательстве от такого поворота событий, но внезапно оказывается в положении, когда ему нужно принять решение. Он должен выбрать, к какой стороне примкнуть и как спасти мир. Будущее всей планеты зависит от действий одного нервного пилота. Ангелы пришли сюда не для разговоров — их цель уничтожить все сопротивление и достичь своих целей. Однако теперь у Синдзи есть союзники, и он больше не одинок. Пусть у него нет ни сил, ни времени, чтобы исправить все ошибки прошлого, но теперь у него есть шанс изменить ситуацию.